全基因组甲基化测序
全基因组甲基化测序（Whole Genome BS-Seq， WGBS）是将重亚硫酸盐（Bisulfite）处理方法和 Illumina 高通量测序平台相结合，进行全基因组范围内的甲基化水平的测序。
细菌基因组测序
采用454测序技术配合Illumina paired-ends方法构建基因组精细图，然后设计引物通过Primer walking得到完成图
简化基因组甲基化测序 Methyl-RAD
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DNA甲基化测序（Reduced Representation Bisulfite Sequencing，RRBS））
RRBS作为一种高性价比的甲基化研究方法，在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。